Das sind sicherlich irgendwelche Erweiterungen, die da Probleme machen. Das Update selbst funktioniert auch problemlos, wenn man keine Erweiterungen installiert hat.
Daher besser so vorgehen:
1. Backup mit Akeeba
2. Unterordner anlegen, dort das Backup zum Laufen bringen
3. Erweiterungen deaktivieren, Templates deinstallieren (außer dem Produktiv-Template)
4. Fehlermeldungen in Joomla auf Maximum stellen
5. Update durchführen
Wenn man keine Erweiterung vergessen hat, sollte es klappen, dann nach und nach die Erweiterungen wieder aktivieren und testen, was funktioniert und was Fehler verursacht.
So bleibt die Hauptinstallation unberührt, wenn die aktualisierte Seite läuft, kann man die Domain ja einfach im Confixx auf den Unterordner routen und die alte Installation löschen.
Wichtig ist aber absolut, ein Backup zu machen und damit zu arbeiten, alles andere macht letzten Endes doch mehr Arbeit, wenn was schief läuft und ich hatte schon häufiger Probleme. Es gibt hier zahlreiche Nutzer, die Probleme mit dem Update haben, siehe hier:
http://www.joomlaportal.de/joomla-3-x-installation.html