Könnte an den Einstellungen im FTP-Programm liegen. Oder ggf. ist der Server so eingerichtet, dass die .htaccess nicht mehr erscheint (Sicherheitsgründe). Die Funktionalität (Passwortschutz oder SEF) ist dadurch aber nicht eingeschränkt. Bei Änderungen müsste die geänderte .htaccess einfach erneut hochgeladen werden.