Da gibt es eigentlich nicht viel zuzutrauen.
Unter Einstellungen->SQL->Neue DB anlegen, das war's.
Die beiden Joomla sind dann jeweils eigenständige Installationen. Wenn Sie zwei verschiedene Seiten mit verschiedenem Content betreiben möchten, wäre das absolut notwendig, da Joomla leider nicht multidomainfähig ist.
Bedeutet aber auch, dass Updates etc. auf zwei Installationen durchzuführen sind.