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Mit dieser Anleitung kann man relativ einfach prüfen, ob auf der eigenen Seite Schadcode eingeschleust wurde:

http://redleg-redleg.blogspot.de/p/simple-script-to-find-base64decode-in.html

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Und hier gibt es auch noch was Gutes:

http://25yearsofprogramming.com/php/findmaliciouscode.htm