Das Update sollte eigentlich abgeschlossen sein. Könnten Sie ggf. mal per FTP kontrollieren, welche Rechte o.g. Datei hat? Oder ist der Besitzer der Daten evtl. noch www-data oder 33, was durch die Verzögerung bei den Updates auf dem Server passiert sein kann und jetzt nach dem Update nicht mehr das Problem sein wird, sofern jetzt nach dem Update Komponenten/Module/Templates installiert werden.