Ob es am Server liegt, solltest Du schon denen überlassen, die sich mit dem Server auskenne. Wie Du Dich damit auskennst, haben wir ja gestern Abend gesehen.
Die ganzen Links werden in der Datenbank gespeichert, nicht in einer Datei. Wenn es am Server liegen würde, würde die /en-Endung ja wohl auch nicht funktionieren, oder?
Das /de nicht funktioniert könnte auch daran liegen, dass Du einen Ordner /html/de per FTP angelegt hast, auf den dann versucht wird zuzugreifen. Lösch den nochmal und passe dann nochmal die Konfiguration vom ARtio an.