IE ist da sowieso nicht als Maßstab zu nehmen, da der die Favicons nur anzeigt, wenn man die Seite in seinen Favoriten im IE hat.
Wegen dem Favicon im IE könnte es sein, dass im Image-Ordner noch eins liegt. Also muss das Favicon eigentlich 2x hochgeladen werden, einmal in /html und einmal in /html/images.