Wegen dem Löschen kann es sein, dass sich in einem Unterordner noch eine .htaccess-Datei befindet, die von Ihrem FTP-Programm nicht angezeigt wird. Hier müsste Ihr FTP-Programm so eingestellt sein, dass auch versteckte Dateien und Ordner angezeigt werden. Bei Filezilla geht das über
Server -> Auflistung versteckter Dateien erzwingen
Sollten Sie ein anderes FTP-Programm verwenden, müssten Sie ggf. beim zuständigen Support erfragen, wie diese Einstellung vorzunehmen ist.
Alternativ ist es auch möglich, dass ggf. Dateien oder Ordner nicht genügend Rechte besitzen, damit Sie diese per FTP löschen. Ordner sollten CHMOD 755 und Dateien CHMOD 644 haben, damit diese problemlos gelöscht werden können.