Es lag daran, dass sich in den nicht löschbaren Ordnern noch .htaccess-Dateien befanden.
Wenn Sie in Ihrem FTP-Programm einstellen können, dass auch versteckte Dateien/Ordner angezeigt werden sollen, können Sie die Löschung dann auch selbst vornehmen. Es handelt sich hier also nicht um ein Problem des Servers sondern um eine Einstellung im FTP-Programm.