Haben Sie die Konfiguration des Shops denn schon an die neuen Pfade angepasst?
Anbei nochmal ein Zitat aus der Rundmail:
Durch die Umstellung auf ein neues Betriebssystem hat sich auch der absolute Pfad für Ihre Installationen bzw. in der Regel für Joomla geändert.
Auf dem alten Server lautete dieser /srv/www/htdocs/webxy/html, auf dem neuen Server muss dieser /var/www/webxy/html lauten, wobei webxy durch Ihren Benutzernamen für FTP/Confixx zu ersetzen ist.